Сезон 2020/21 гг.
Работа руководства по восстановлению имени и цветов продолжалась и летом 2020 года принесла свои плоды. 24 июля 2020 года клубу было возвращено историческое название – «Кубань», и цвета, которые главная краевая команда уже представляла ранее — жёлто-чёрные. Была озвучена задача – выход в Первую Лигу. Команда усилилась опытными игроками. С первого тура «Кубань» стала в каждом матче играть исключительно на победу. Профессиональный футбольный клуб «Кубань» в очень упорной, сложной борьбе в конечном итоге задачу решил и завоевал путевку в ФНЛ!
Сезон 2021/22 гг.
В 2021 году «Кубань» вышла в ФНЛ – Первую Лигу. В течение сезона 2021/22 гг. с жёлто-зелёными работали главные тренеры: Сергей Первушин, Александр Точилин, Роберт Евдокимов. Под руководством Евдокимова, в весенней части сезона, «Кубань» проиграла лишь один матч первенства – это дало возможность сохранить прописку в Первой Лиге, заняв 12 место из 20 команд. В этом сезоне состав «Кубани» пополнили Юрий Нестеренко и Игорь Безденежных. Ставшие одними из лидеров команды на многие годы. В матче 1/64 Кубка России жёлто-зелёные в серии пенальти обыграли астраханский «Волгарь» (в основное время – 1:1). На стадии Пути регионов «Кубань» разгромила «Краснодар» – 3:0, в долгожданном кубанском дерби.
Сезон 2022/23 гг.
Кубанцы начали сезон 2022/23 гг. с уверенной победы – 2:0 над «Уфой», которая только что покинула Премьер-Лигу. Во время зимней паузы на мостик рулевого пришёл Андрей Сосницкий, при котором в 11 поединках команда три матча проиграла, в пяти сыграла вничью и выиграла в трёх встречах. За три тура до завершения сезона 2022/2023 гг. команду возглавил Александр Григорян. Завершив сезона на 14 месте, «Кубань» сохранила прописку в Первой Лиге.
Сезон 2023/24 гг.
«Кубань» вошла в сезон с задачей сохранения места в Первой Лиге. За игровой год сменилось три тренера: Александр Григорян, Вадим Евсеев, заканчивался сезон под руководством Роберта Евдокимова. По итогам сезона «Кубань» оказалась в ФНЛ-2.
Сезон 2024/25 гг.
Вячеслав Молчанов, сменив Роберта Евдокимова на посту главного тренера, выдал вместе с жёлто-зелёными впечатляющую серию из пяти побед подряд, затем были две ничьи и ещё одна победа. После череды поражений, Андрей Сосницкий сменил Молчанова на посту главного тренера. Команда под его руководством провела 13 матчей, в которых одержала 4 победы, 2 раза сыграла вничью и ещё в 7 поединках уступила. В конце сезона 2024/25, в качестве исполняющего обязанности главного тренера командой руководил Андрей Олегович Ещенко. «Кубани», финишировавшей на 8 месте, предстояло в сезоне 2025/2026 гг. играть в группе команд «Серебро» Второй Лиги А.
В Кубке России сезона 2024/2025 гг. «Кубань» провела один матч. Соперником наших футболистов стал «Кубань-Холдинг» из станицы Павловской. В этом матче нашу команду представляли молодые игроки, которыми руководил Андрей Ещенко. Самым младшим игроком нашей команды был голкипер Роман Сафонов, которому на момент встречи было 14 лет. И это самый молодой участник в истории Кубка России.
История продолжается…