Сезон 2016/17. В клубе произошла смена учредителя. Бразды правления вновь взяла в свои руки администрация Краснодарского края. «Кубань» собирала новую команду практически с нуля. Были приглашены лидеры клубов ФНЛ минувшего сезона, дополнили состав титулованные и опытные Алексей Гай и Спартак Гогниев. Вернувшемуся на пост главного тренера Дану Петреску – по известной русской поговорке – не удалось войти в одну реку дважды: три победы в 15 матчах и прочное место на грани (и за ней) зоны вылета – вовсе не тот результат, которого ждали болельщики. Отставка именитого специалиста не выглядела неожиданной, а спасать положение был призван тандем Евгения Калешина и Николая Южанина.
«Кубань» – в непростых финансовых и организационных условиях – мощно стартовала по весне, недобрав до дающей право побороться за путёвку в Премьер-лигу 4-й строчки всего 4 очка. Задача на сезон – повышение в классе – была не выполнена, но качество игры и результаты весны 2017-го да вселяли оптимизм в смотревших в будущий сезон болельщиков.
Сезон 2017/18. Очень непростой сезон получился для «Кубани». Ввиду закрытой заявки, тренерский штаб «Кубани» вынужден был рассчитывать на ограниченное количество футболистов, имевшихся в их распоряжении. Влились в коллектив некоторые игроки молодежного состава, часть из которых завоевала место в твердой «основе».
Приминая во внимание и затрудненные финансовые обстоятельства, 9 место в турнирной таблице ФНЛ реально отображает состояние дел в клубе. «Кубань» не могла стабилизировать игру и чередовала серии победных матчей с неудачными отрезками. Ей удавались уверенные победы над лидерами турнира, после чего следовали необъяснимые провали во встречах с аутсайдерами.