Закат команды начался в сезоне 1985 года, который проходил по странной и мудреной схеме. Сначала, на первом этапе, команды были разбиты на две группы по территориальному признаку. «Кубань», из которой начался отток опытных футболистов, его провалила и заняла 10-е место из 11 участников. Ввиду низких результатов на второй этап она была отправлена во вторую группу, участники которой доказывали право остаться в Первой лиге на следующий сезон. Игрой наша команда не блистала, но сумела финишировать выше опасной черты и отстояла своё место под солнцем.
Но ненадолго. В 1986 году всё уже закончилось плачевно. Команда, обезглавленная уходом последних опытных игроков, билась как могла, но от тура к туру скатывалась всё ниже и ниже. По итогам турнира сразу четыре коллектива набрали по 40 очков при равных показателях: ташкентский «Пахтакор», ставропольское «Динамо», абовянский «Котайк» и «Кубань». Вылететь должен был один из них – и это оказалась наша команда, показатели которой в очных встречах с клубами четвёрки были худшими.
Чтобы спасти положение и вытащить команду из болота Второй лиги, за дело взялись «старики-разбойники». Тренер Хамза Багапов вернул в «Кубань» большинство игроков, блиставших в ней в лучшие годы, и вместе с Александром Плошником, Александром Балахниным, Василием Шитиковым, Александром Маховиковым, Юрием Чеботарёвым, Сергеем Горюновым, Александром Багаповым, Александром Семенюковым и Николаем Колесовым уверенно выиграл первое место.
Но в те времена для того, чтобы покинуть «болото», мало было выиграть зону. «Кубани» предстоял турнир с двумя победителями других зон Второй лиги – кишинёвским «Нистру» и «Нефтяником» из Ферганы. Ключевым стал поединок с молдавским коллективом – он считался фаворитом – на нашей арене. Жёлто-зелёные в присутствии 18 тысяч зрителей уверенно победили главного конкурента – 2:0. А ничья 1:1 в заключительном матче в Фергане была для нашей команды на вес золота. Мы снова в Первой лиге! Спасибо ветеранам!
Четыре заключительных сезона эпохи советского футбола 1988–1991 годов «Кубань» провела в Первой лиге. Жёлто-зелёные не блистали игрой и результатом, и привычные для кубанского болельщика максимальные задачи были заменены целью удержаться на плаву. В первенстве-1988 это едва получилось: команда заняла 19-е, «предвылетное» место, но всё же смогла удержаться. Аналогично завершилось выступление в 1989 году, когда «Кубань» под руководством Георгия Безбогина едва-едва сохранила прописку.
Многим игрокам было уже не до футбола, требовалась серьёзная реорганизация команды. С провала начался турнир 1990 года, когда «Кубань» в 16 матчах сумела одержать всего одну победу. Последовала тренерская рокировка – Георгия Безбогина заменил Владимир Бражников. И во втором круге команда ожила, заняв пятое место среди участников. Но и этого не хватило для того, чтобы подняться вверх, и финиш состоялся на предпоследнем, 19-м месте. Прописку в Первой лиге «Кубань» сохранила лишь благодаря тому, что в следующем сезоне состав расширился до 22 участников. Повезло – не так часто это случалось с нашим клубом.
И всё же от судьбы не уйдёшь… В бесславном сезоне 1991 года «Кубань» в 42 матчах одержала всего 8 побед, вновь заняла предпоследнее место и вылетела во Вторую лигу. Но… пути Господни неисповедимы. И вместо прозябания на самом дне отечественного футбола наша команда оказалась… в элитном эшелоне! Впрочем, эта история относится к спортивным событиям совсем другой страны, которая будет представлена в следующих главах. А история «Кубани» во времена Советского Союза заканчивается здесь.
Невзирая на разноплановость выступлений «Кубани» во второй половине 1980-х годов, здесь тоже рождались и блистали яркие футбольные звёзды. Вспомним Владимира Подобедова, Александра Гармашова, Игоря Шлюбуля, Ивана Котенова, Олега Мирного, Юрия Соболя, Ираклия Джанджгаву, Владимира Гапоненко, Валерия Сидоренко, Валерия Рудько, Андрея Юдина, Александра Маховикова, Вячеслава Воробьёва, Александра Пироженко, Эдуарда Богмана, Сергея Доронченко, Игоря Верёвкина и других. На смену этим ребятам вскоре пришло новое молодое поколение талантливых кубанских игроков.