После распада великой страны коренные изменения коснулись всего спектра деятельности нашего государства. Касалось это не только политической, экономической и культурной жизни. На новые рельсы встал и теперь уже российский спорт. В нём процветали те, кто смог быстро перестроиться под рыночные отношения, имел хватких меценатов, преуспевших в «народной» приватизации, или находился под крылом заинтересованных властных структур.
Футбольный клуб «Кубань», как бюджетная организация, не имел ни того, ни другого, ни третьего и поэтому все 1990-е годы вёл борьбу не только на футбольных полях, но и со второстепенными факторами, в числе которых было невнимание власть имущих и низкое финансирование, временами переходящее грань нищеты.</p> <p>По итогам первенства-1991 «Кубань» вылетала во Вторую лигу СССР. А сезон 1992 года начала в элитном дивизионе футбольной России! Пробел, связанный с утратой клубов стран, получивших независимость, нужно было восполнять коллективами с российской пропиской. Делалось это, как казалось со стороны, в случайном порядке, и поэтому первый турнир Высшей лиги Российской Федерации собрал довольно пёстрый состав участников.
Конечно, наша команда в тот момент не была готова противостоять лучшим клубам страны – ни по подбору игроков, ни в экономической плоскости, ни в моральных качествах. Поэтому ничего удивительного в её фиаско 1992 года нет. Команда как могла билась с более удачливыми соперниками, но по итогам сезона оказалась в группе коллективов, покинувших элитный эшелон отечественного футбола.
Падение было столь стремительным и болезненным, что в 1993 году «Кубань» транзитом скатилась во Вторую лигу. Первенство-1994 команда начала бодро, долгое время билась с участниками турнира, но во втором круге вмешались нефутбольные факторы, и она заняла лишь шестое место с 10-очковым отставанием от лидера.
В 1995 году команду принял Владимир Бражников, который работал совместно с Фёдором Новиковым, и «Кубань», проведя серию отличных матчей, заняла в итоге второе место и стала обладательницей путёвки в Первую лигу. Именно в этот год заблистали футболисты, ставшие кумирами целого поколения жёлто-зелёных болельщиков: Станислав Лысенко (забил 21 мяч) и Алексей Герасименко (29).
Три сезона (1996–1998) наша команда выступала в Первой лиге. Первенство 1996-года можно занести в актив «Кубани». Команда отличалась стабильностью и была крепким орешком для соперников по дивизиону. Коллектив под управлением Владимира Бражникова демонстрировал неплохой уровень футбола и занял 10-е место среди 22 участников турнира.
Но финансовая составляющая нашего клуба не улучшалась. Сезоны-1995–1996, сыгранные на морально-волевых качествах, только подтверждали тот факт, что кубанский футбол всегда славился сильными духом людьми. Но долго так продолжаться не могло… В 1997 году «Кубань» балансировала на грани вылета, а по итогам первенства-1998 всё же опустилась во Вторую лигу. Экономическое положение было попросту аховым, коллектив потерял целый ряд игроков – к концу турнира тренер Андрей Поскотин не мог набрать 11 футболистов на стартовый состав, а вратарь Александр Перов вынужден был играть на позиции полузащитника.
На этом история «Кубани» – в год 70-летия клуба – могла бы и закончиться. У неё не было денег для деятельности, на игроков, на содержание базы. После августовского дефолта 1998 года ситуация стала просто катастрофической: над клубом нависла угроза расформирования. Члены попечительского совета ФК «Кубань» Иван Перонко и Михаил Крапивный обратились за помощью к большому энтузиасту футбола, руководителю объединения «Роснефть-Краснодарнефтегаз» Ивану Паненко.
И в сезоне 1999 года в краевом центре «Кубань» возродилась – с полностью обновлённым составом, с новыми целями и амбициями. И сразу же, под управлением тренера Софербия Ешугова, жёлто-зелёные становятся победителями очень крепкой зоны «Юг» Второго дивизиона. По регламенту того времени нужно было выиграть в стыковых матчах у победителя соседней зоны – тольяттинской «Лады» (серьёзный соперник по тем временам). Но не получилось: поражение (1:2) в гостевом матче и ничья (1:1) в домашнем поединке.
Тем не менее чувствовалось, что всё самое лучшее у «Кубани» впереди. На команду обратили взор первые люди края, клуб стал получать стабильное финансирование, защищать его жёлто-зелёные цвета готовы были опытные и мастеровитые футболисты. И, самое главное, болельщик поверил в своих кумиров и вернулся на стадион. До аншлагов на главной арене Краснодарского края оставалось уже совсем немного времени…
2000 год. «Кубань» под управлением Софербия Ешугова и Фёдора Щербаченко сделала ставку на местных футболистов и провела этот сезон во Второй лиге, где стала победителем зоны «Юг». По ходу турнира в 38 матчах было одержано 32 победы и забито 95 мячей в ворота соперников, тогда как противникам лишь 13 раз удалось огорчить нашего вратаря. Лучшим бомбардиром сезона с 12 мячами стал Эмиль Цацкин.
Судьба путёвки в старший класс решалась в стыковых матчах с представлявшей Мордовию «Светотехникой». В первой игре, в Саранске, была одержана победа 1:0 – решающий гол на счету Владимира Пантюшенко, а голкипер жёлто-зелёных Эдуард Тучинский совершил спортивный подвиг, отразив пенальти. Ответная встреча в краевом центре собрала 18 тысяч болельщиков и завершилась со счётом 0:0. «Кубань» вернулась во второй по значимости футбольный эшелон отечественного футбола и на самое «дно» больше не падала.