2001 год. Можно смело сказать, что этот год стал переломным в истории клуба. Прежде всего отметим, что на «Кубань» наконец-то обратило внимание руководство региона, обеспечив ей моральную и материальную поддержку. Губернатор Краснодарского края Александр Ткачёв являлся президентом клуба с 2002 по 2016 год, коллектив имел стабильное финансирование и высокие спортивные задачи.
Тренировать команду был приглашён маститый футбольный специалист Олег Долматов, который укрепил состав известными и опытными игроками. Главным образом, речь об Олеге Терёхине и Ансаре Аюпове, сыгравших решающую роль в становлении коллектива ввиду задач, которые ставились перед «Кубанью» на ближайшую перспективу.
Почти до самого конца турнира жёлто-зелёные – новобранцы Первого дивизиона – боролись с «Ураланом» за второе место, дающее право выступать в элите. Но не хватило мощного финишного рывка, хотя по сумме двух матчей «Кубань» переиграла элистинский клуб – 1:1 в гостях и 2:1 дома. В заключительном туре первенства, разгромив 3:0 на родной арене ижевский «Газовик-Газпром», наша команда заняла третье место и завоевала малые бронзовые медали футбольной России. Несомненно, это был успех, так как долгие годы команда не добивалась столь значимых результатов. В краевом центре вновь начался футбольный бум, а «Кубани» на следующий сезон была поставлена задача завоевать путёвку в Премьер-лигу.
2002 год. Увы, с ходу прорваться в элиту не удалось. На старте первенства-2002 «Кубань» забуксовала, и в апреле было принято решение о смене тренерского штаба. Временно команду возглавлял помощник Олега Долматова Вячеслав Комаров, а в сентябре главным тренером был назначен известный кубанский футболист 1980-х годов Владимир Лагойда. Жаль, но упущенное в начале турнира наверстать не удалось и команда расположилась на четвёртой строчке в турнирной таблице Первого дивизиона. Это, конечно, нельзя назвать неудачей, но место не соответствовало задаче на сезон – да и потенциалу «Кубани». Болельщики с надеждой смотрели в следующий спортивный год: когда, если не сейчас? Ведь коллектив за два сезона уже поднаторел в «классовой» борьбе и противостоянии с сильными соперниками, многие из которых также мечтали о Премьер-лиге.
2003 год. Это был триумфальный сезон «Кубани» и её болельщиков! В невероятно трудной борьбе с мастеровитыми конкурентами жёлто-зелёные заняли второе место и стали командой Премьер-лиги! К успеху нашу команду привели два руководящих и тренерских штаба: дуэт гендиректор Владимир Подобедов – тренер Владимир Лагойда в конце августа сменился тандемом Александр Молдованов – Николай Южанин.
Весь турнир «Кубань» находилась вверху турнирной таблицы, завершила первый круг на высшей строчке, а затем забуксовала, пропустив вперёд «Томь», грозненский «Терек» и «Амкар» из Перми. Честь команды защищали такие мастера кожаного мяча, как Станислав Лысенко и Алексей Герасименко, Любомир Кантонистов и камерунский форвард Самуэль Дидье Бианг, ставший лучшим бомбардиром сезона.
Судьбу клуба решил 11-матчевый осенний победный спурт «Кубани». 33 набранных очка подняли «Кубань» на второе место, но ещё не гарантировали общего успеха. Чтобы расставить все точки над Ï, надо было в последней игре турнира не проиграть на своём поле «Тереку». Матч завершился вничью 0:0, и наша команда под ликование переполненных трибун завоевала путёвку в Премьер-лигу! Через 24 сезона после первого, советского, успеха 1979 года, если не считать «случайный» чемпионат-1992, жёлто- зелёные вновь завоевали право играть в элите отечественного футбола!
Венчал славный сезон яркий успех в 1/16 финала Кубка России. В двух противостояниях «Кубань» переиграла непобедимый в те годы московский «Спартак»: 2:1 в столице и 1:1 в краевом центре, причём спартаковцы отыгрались уже в компенсированное арбитром время.
2004 год. Однако выступать на высшем футбольном уровне оказалось не так просто, как это смотрелось из осени 2003 года… Весь турнир «Кубани», не имевшей опыта выступлений в элите российского футбола, приходилось отчаянно защищать своё место под солнцем. Сначала коллектив тренировал Николай Южанин. Затем его на посту сменил сначала Софербий Ешугов, а затем Леонид Назаренко.
В концовке турнира у «Кубани» был шанс спасти ситуацию, но команда крайне неудачно провела заключительные матчи чемпионата. И даже гостевая победа в Перми над «Амкаром» 2:1 не стала спасением. Жёлто-зелёные набрали одинаковое количество очков с «Аланией» – по 28, но уступили владикавказцам спасительную 14-ю строчку в турнирной таблице по техническим показателям. Клуб вернулся в Первый дивизион.
2005 год. В «Кубани» сменилось руководство: главным инвестором выступила структура крупного бизнесмена уроженца Краснодарского края Олега Дерипаски. Задача была обозначена чётко: требовалось вернуться в Премьер-лигу. Тренер известный чешский специалист Йозеф Хованец, руководивший в своё время национальной сборной своей страны и пражской «Спартой», собрал состав из опытных и мастеровитых футболистов, многие из которых прошли стажировку в серьёзных клубах России и Европы.
Команда довольно резво стартовала, но стабильностью похвастать не могла. «Кубань» нередко теряла очки в матчах, где она была объективно сильнее. Несмотря на неплохое качество футбола, у жёлто-зелёных вновь не получилась концовка турнира, которая отложила мечту болельщиков краевого центра ещё на год. Итоговое пятое место было воспринято как неудача, а задача на первенство 2006 года осталась прежней: возвращение в элиту.
2006 год. Пожалуй, первенство-2006 останется в болельщицкой памяти как одно из самых знаковых в истории клуба. И дело здесь не только в результате блестящего сезона, по итогам которого «Кубань» вернулась в элиту. Команда, управляемая украинским тренером, экс- игроком киевского «Динамо» и сборной СССР Павлом Яковенко, показывала насыщенный, атакующий, «забивной», а временами и просто бесшабашный футбол.
Девять крупных побед, иногда с хоккейными счетами служат тому подтверждением. А гостевой разнос тольяттинской «Ладе» 7:0 стал самым крупным гостевым счётом за всю историю клуба. Было забито 92 гола (абсолютно лучший показатель в лиге), сразу четыре форварда жёлто-зелёных наколотили в ворота соперников свыше 10 голов: Роберт Зебелян – 23, Шамиль Асильдаров – 18, Игорь Стрелков и бразильский легионер Лаго Сантос Рикардо – по 12.
Сезон команда провела достаточно ровно, но особенно ей удался второй круг, когда соперники начинали паниковать при одном упоминании «Кубани». Трибуны одноимённого стадиона были заполнены благодарными болельщиками, фанаты не оставляли своих кумиров и в выездных матчах. Путёвка в Премьер-лигу была завоёвана в предпоследнем туре первенства, после победы 3:1 в Хабаровске над местными армейцами.
2007 год. Говорят, снаряд два раза в одну воронку не попадает… «Кубани» удалось опровергнуть это предположение, во второй раз кряду вылетев из Премьер-лиги в год возвращения. Дела у Павла Яковенко на старте не сложились, и он уже в начале апреля был смещён с поста главного тренера. Его последователи Леонид Назаренко и Софербий Ешугов пытались выправить ситуацию, но лишь повторили неутешительный результат сезона 2004 года. Сменилось и руководство клуба – генеральным директором вновь был назначен Александр Молдованов.
«Кубань» всё время балансировала на грани опасной черты, то удаляясь от зоны вылета, то перешагивая через опасную линию. Вновь на финише чемпионата, когда было по силам всё исправить, команда не смогла прибавить. Даже победа 3:2 в последнем туре в Москве над «Локомотивом» не стала спасательным кругом. Набрав одинаковое количество очков – по 32 – с «Лучом-Энергией» из Владивостока и самарскими «Крыльями Советов», «Кубань» вновь уступила по дополнительным показателям.
2008 год. В клуб влился новый инвестор в лице генерального директора Индустриального союза Донбасса уроженца Армавира Олега Мкртчана. Вновь была поставлена задача вернуться в Премьер-лигу, и по итогам сезона она была выполнена. Правда, для достижения цели пришлось приложить максимум усилий сразу четырём тренерским штабам: под началом Александра Тарханова, Сергея Павлова, Погоса Галстяна и Олега Протасова.
В первом круге первенства наигрывались внутрикомандные связи обновлённого коллектива, строилась концепция стиля. Во второй половине турнира, обыгрывая соперников одного за другим, «Кубань» расположилась на втором месте. Решающим стал поединок в Набережных Челнах 24 октября. Вопрос стоял ребром: в Премьер-лигу выйдет победитель матча «КАМАЗ» – «Кубань». Дважды уступая конкуренту с разницей в два мяча, наша команда одержала сверхволевую победу 4:3 и вернулась в элиту!
2009 год. И вновь «Кубань» не смогла удержаться в Премьер-лиге! И третья попытка закрепиться на высшем уровне отечественного футбола завершилась фиаско. Объяснений тому несколько, но главная причина видится в тренерской неразберихе на протяжении всего сезона. Приглашённого в начале года Сергея Овчинникова (официально главным тренером значился имевший лицензию Pro португалец Марианну Баретто), несмотря на домашние победы над ЦСКА, «Спартаком» и «Локомотивом», в августе сдвинули с поста.
Заменившему Овчинникова Погосу Галстяну, в помощь которому из столицы был выписан Анатолий Бышовец, не удалось сплотить коллектив, и команда, что называется, «поплыла». В девяти осенних матчах «Кубань» смогла одержать только две победы и оказалась в зоне вылета, из которой так и не смогла выбраться.